Расчётные и другие банковские услуги в национальных валютах стран СНГ и ЕАЭС относятся к приоритетным направлениям деятельности Межгосударственного банка.

Межгосударственный банк является прямым участником платёжных систем центральных (национальных) банков Республики Армения, Республики Беларусь, Республики Казахстан, Кыргызской Республики, Российской Федерации и Республики Таджикистан.

Межгосударственный банк уделяет повышенное внимание развитию системы управления рисками и организации внутреннего контроля, направленной на обеспечение надёжности финансового института, защиту информации о клиентах Банка.

В качестве Секретариата Евразийского совета центральных (национальных) банков (ЕСБ) Межгосударственный банк осуществляет координацию обмена информацией по наиболее актуальным экономическим и финансовым вопросам.

Банк активно сотрудничает с международными организациями и интеграционными органами.